Termín autonomie vznikl z řeckých slov autos (sám) a nomos (zákon), tj. řídící se vlastními zákony. Svůj původ má v politické teorii, když se používal pro nezávislé městské státy tvořící vlastní zákony. V etice je autonomie často spojována s nezávislostí, sebeovládáním, sebekontrolou a možností sebeurčení dané osoby, tj. s možností činit nezávislá rozhodnutí v souladu s vlastními hodnotami a principy, které jsou nám skutečně vlastní. Problém při definování autonomie spočívá v tom, že se jedná o mnohovýznamový koncept. Klíčové jsou minimálně dva významy, které mohou být vůči sobě v protikladu. Jeden vychází z negativní koncepce autonomie ve smyslu absence vnějších vlivů působících na jednání či rozhodování osoby. Druhý zdůrazňuje zejména pozitivní možnost člověka rozhodovat o sobě samém (aktérství), včetně možnosti utvářet vlastní životní plán v souladu s osobními životními hodnotami. V bioetice nejvýznamnějšími pojetími vnímání autonomie je tzv. defaultní autonomie Beauchampa s Childressem, která se zaměřuje na podmínky pro autonomní jednání. Jednání je autonomní, pokud osoba jedná intencionálně, s porozuměním a bez ovládajících vlivů.
Princip respektu k autonomii má pak normativní charakter a značí, že má být respektováno autonomní rozhodnutí pacienta, který je kompetentní, tj. způsobilý učinit takové rozhodnutí.
